山茶园位于锁云路中段，毗邻苏铁植物区，面积约4公顷，于2018年春节建成开放。现有山茶科植物近400多种（含品种），其中不乏观赏价值很高的种或品种，如杜鹃红山茶、越南抱茎茶、金花茶等，春节前后是最佳的观花期，四季山茶更是在一年四季中均有花可观赏。 园区种植黄花风铃木、美丽异木棉、刺桐等开花大乔木作为伴生树种，一年四季花开不断，参差错落，别致有趣。登山步道迂回曲折，间或亭台点缀，伴有溪流跌水，溪水潺潺，鸟语花香。山顶翠翼亭矗立，凭栏远眺，鹭岛中心城区尽收眼底。
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竹类植物区（竹径）始建于1960年，沿着半岭山麓下的万石湖北侧径达西山湖，路旁列植便是幽篁的竹径。竹径高低错落、曲直有致，竹林苍翠，湖光竹影，仿若仙境。 竹类属禾本科竹亚科，全世界有100余属，1000余种（含种以下单位）。竹子是我国传统的园林观赏、笋用、材用植物，并被视为美德的象征，形成独特的中国竹文化。苏东坡有诗云“宁可食无肉，不可居无竹”。 我园引种有28属近200种，以丛生竹种粉单竹、小琴丝竹、银丝竹、黄金间碧玉、湘妃竹、泰竹等观赏竹种为主，多姿多彩，构成竹子家族的大观园。
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裸子植物区位于万石湖北侧，面积约2公顷，始建于1970年。园中植物景观和园林小品巧妙结合，湖光、山色、翠影交映生辉。园内就低凿池一泓，有群鹤雕塑戏立水中，或振翅欲飞，或觅食池中，姿态各异，形象逼真，池畔筑有“延年亭”。 裸子植物的胚珠外面没有子房壁包被，不形成果皮，种子是裸露的。全世界现存的裸子植物有5纲9目12科71属近800种，我国有5纲9目12科41属236种。 我园引种栽培有5纲6目11科26属近百种（含变种），以南洋杉科和苏铁科为主。收集有世界著名庭院树种金钱松、雪松、南洋杉，以及被称为活化石的水杉、孑遗植物银杏等。
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市花园又称梅海岭，地处东坪山中部，于2005年11月初步建成开放，面积约4公顷。栽种60多个品种一万余株三角梅，依山就势而建，是我国首个三角梅主题专类园。 三角梅又称叶子花、九重葛、宝巾花，为紫茉莉科蔓性披散灌木，原产于南美洲巴西，1872年引入台湾栽培，以后逐步扩展到全国各省，1986年厦门市第八届人大常委会第23次会议确定三角梅为厦门市市花。三角梅花色艳丽、花期长，世界热带、亚热带地区广泛引种栽培，而且培育出大量三角梅品种。全世界三角梅现登记在册约有400多个品种，我园现引种收集了300余个品种，是国内保存三角梅最多的机构之一。
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植物体的根、茎、皮、叶、花、果实、种子或全株含有能防治疾病的化学成分，具有一定医疗用途的植物统称为药用植物。该园区种植药用植物约350种，主要根据其生长习性，因地制宜栽种。种植有杜仲、砂仁、沉香、檀香和女贞等传统名药，也有闽南传统青草药血苋、车前和一见喜等。
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姜目植物区始建于2015年，面积约2公顷，东邻花卉园，依山就势，山谷清幽、溪潭澄澈，登山步游道曲折迂回，步移景迁。 姜目植物多为大型的多年生草本植物，有芭蕉科、姜科、美人蕉科、蝎尾蕉科、竹芋科、旅人蕉科、兰花蕉科、闭鞘姜科8个科2100多种。该区种植400多种（含品种）姜目植物，有株型独特的旅人蕉、象腿蕉等，有叶色斑斓的彩虹竹芋、锦竹芋等，有花色艳丽的粉苞芭蕉、红姜花等，有花型奇特的金嘴蝎尾蕉、地涌金莲等。
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西山园位于植物园中部，始建于2019年，面积约为20公顷，地形起伏。中心位置为西山湖，修建于1952年，总库容约为8.4万立方米。园区内植被以草皮、地被、大花乔木等为主，四周有以马尾松、木麻黄、相思树为主的混交林，建有观景亭、观景平台、木栈道、一级景交车站点和服务驿站，为游客提供一个观景、休憩的游赏空间。
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闽台植物区位于植物园南门入口区，沿东宅坑水库环绕而建，始建于2021年，面积约3.0公顷，种植台湾赤楠、兰屿肉桂、枫香、福建山樱花、福建紫薇、闽楠等约500种（含品种）的台湾和福建特色植物，设置彩叶植物、果树、福建特色植物、台湾特色植物四个片区，表现亚热带常绿阔叶林、针阔混交林的植被类型。园区设有景观亭、廊、台等小品，沿主园路、水岸边为精致的花境。园区内花团锦簇、瓜果飘香、树荫蔽日，西侧有直达万石路的自动扶梯、梯道和登山步道，运眺厦金海峡，近观满目翠绿。 闽台植物区为中国首个以台湾和福建特色植物为主题的专类园区，将成为海峡两岸进行植物科学研究、科普教育和文化交流的研学基地。
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