棕榈植物保育中心
厦门市园林植物园自 1960 年建园以来，在棕榈科植物的物种保存、科学研究、推广应用方面取得了卓越的成就，2012年12月被国家林业局正式授牌“全国野生动植物保护及自然保护区建设工程——棕榈植物保育中心”。
三角梅研究推广中心——国家三角梅种质资源库
三角梅研究推广中心主要负责国家三角梅种质资源库的运营与维护，严格按照国家三角梅种质资源库的要求与标准，合理保存利用三角梅种质资源，大力收集全球三角梅种质资源，争取发展成为世界三角梅种质资源库与中心。
种质资源研究室
种质资源又称遗传资源或基因资源，是指携带生物遗传信息的载体，且具有实际或潜在利用价值。种质资源是现代生物科技的核心要素，是一个国家的战略资源，其开发和利用能力及水平成为支撑国家经济发展不可或缺的条件之一，直接关系到国民经济的可持续发展。
生物技术研究室
植物生物技术是种质资源保护、遗传性状改良、新品种培育、新种质创造等植物资源保护和利用研究的重要技术，也是衡量植物园科研创新能力的重要指标。
多肉植物研究室
多肉植物研究室长期以来致力于多肉植物的引种、驯化、园林景观应用、可持续发展应用等多方面的研究。
植物标本室
植物标本室是一个以标本采集、处理、保藏、流通、研究为一体的科研支撑部门，其基本职能是组织开展有针对性的科研标本及材料的收集，进行安全有序的保藏，为相关研究人员提供标本查阅与研究的良好场所。
