万石莲寺位于“万笏朝天”巨石的下方，由于寺周多巨石，故得此名。它相传为唐代开元年间中原陈氏入岛开发时所建，是厦门岛上最早的寺庙之一，距今已有1000多年的历史了。后来几经兴废，重修了几次。现在这个样子是厦门开放后由新加坡佛教总会会长宏船法师重修的。
万石莲寺的山门为一石坊，石坊上的楹联“一句弥陀声传鹭岛，千年常住业绍庐山”，是弘一法师为会泉法师中兴万石岩而写的。
