「裸子植物区」は、万石湖の北側に位置し、面積は約2ヘクタールで、1970年に建て始められています。園中の植物の景観と庭園の小品は巧みに結合していて、湖の光、山の色、緑の影はお互いに映り合っています。園内の低いところに池が掘られているが、そこには、群れの鶴の彫刻像が水の中に立っていて、あるいは羽ばたきして飛ぼうとしているもの、あるいは池で食べ物を捜しているものもあって、姿はまちまちだが、本物に迫っています。また、池の畔には「延年亭」が建てられています。
裸子植物の場合、胚珠の外側に子房壁がなく、果皮が形成されず、種子が露出しています。世界中に現存している裸子植物は5つの綱、9つの目、12科、71属、800種余りであるが、わが国には5つの綱、9つの目、12科、41属、236種があります。
当園区では5つの綱、6つの目、11科、26属、約100種（変種を含む）を導入・栽培しているが、南洋杉科と蘇鉄科を主としています。世界的に有名な庭園木種であるイヌカラマツ、ヒマラヤスギ、南洋杉、生きた化石と呼ばれる水杉、絶滅危惧植物である銀杏などが集められています。