「閩台植物区」は、植物園の南門の入り口に位置し、東宅坑ダムを囲んで建てられ、2021年に建て始められています。その面積は約3.0ヘクタールで、台湾産のフトモモをはじめ、ナニッケイ、カラカエデ、福建ヤマザクラ、福建サルスベリ、タブノキなど、台湾と福建の特色ある植物が約500種（品種を含む）栽培されています。彩葉植物、果樹、福建の特色ある植物、台湾の特色ある植物の4つのエリアに分けられ、亜熱帯常緑広葉樹林、針広混交林の植生を示しています。園内には、展望亭、回廊、テラスなどが設置され、メインロードと水辺に沿って素晴らしい花の境界線が設けられています。当園内に様々な花が咲き乱れており、果物の香りが漂い、木陰がいい具合に広がっています。西側には万石路に直接繋がるエスカレーターや階段、登山歩道が設けられており、遠くには廈金海峡を眺めることができ、近くには目いっぱいの緑を楽しむことができます。
「閩台植物区」は、中国初の台湾と福建省の特色もつ植物をテーマにした専門園区であり、海峡両岸の植物科学研究、科学普及教育、文化交流のための研究拠点になります。